Kumpulan Phoenix

Tonks dan raka Auror yang juga menganggotai Kumpulan Phoenix, Kingsley Shacklebolt bekerja sebagai perisik bagi pihak kumpulan itu di Kementerian Sihir. Mereka berkhidmat untuk Kumpulan Phoenix secara sembunyi kerana tindakan menyokong Dumbledore secara terang-terangan akan menyebabkan mereka kehilangan jawatan mereka di Kementerian. Lagipun, Kumpulan tersebut sangat memerlukan orang di dalam Kementerian, kerana mengetahui yang pengikut Voldermort turut berada di Kementerian.

Tonks juga turut bertarung di Jabatan Misteri bersama Alastor Moody, Sirius Black, Remus Lupin dan Kingsley Shacklebolt. Beliau tercedera oleh serangan ibu saudaranya, Bellatrix Lestrange, dan dirawat di St. Mungo. Di bahagian akhir buku, Tonks telah kembali sembuh dan bersama Moody, Lupin dan beberapa anggota keluarga Weasley, menghantar Harry kembali ke Privet Drive.

Putera Berdarah Kacukan

Sepanjang tahun keenam Harry, Tonks ditempatkan di Hogsmeade dan ditugaskan untuk menjaga Hogwarts. Dia menyelamatkan Harry di Hogwarts Express dan beberapa kali terlihat di Hogwarts. Harry memperhatikan tingkah lakunya yang aneh, kelihatan muram, jarang tersenyum atau bersikap ramah seperti biasanya. Rambutnya yang biasanya berwarna cerah, sekarang berwarna coklat-tikus, yang menunjukkan proses metamorfosisnya terganggu. Selain itu patronusnya turut berubah, dari sesuatu yang tidak pernah disebutkan, (hanya Snape yang berkata bahwa Patronus Tonks berubah) menjadi patronus makhluk besar, berbulu dan berkaki empat. Perubahan seperti ini dapat terjadi akibat adanya kejutan ataupun dorongan emosi yang kuat. Harry dan Hermione berpendapat hal ini disebabkan oleh kematian Sirius, bapa saudaranya, yang menjadi kesalahannya kerana Tonks tidak menghabiskan Bellatrix Lestrange, lawannya, sehingga Bellatrix pada akhirnya membunuh Sirius (atau lebih tepatnya mendorong Sirius terjatuh ke dalam gerbang bertirai). Harry turut berpendapat Tonks mencintai Sirius, kerana Patronusnya menyerupai bentuk animagus Sirius.

Setelah kematian Dumbledore, barulah misteri berubahnya perangai Tonks terbongkar, iaitu disebabkan beliau mencintai Lupin tetapi Lupin tidak menerimanya untuk alasan "tua, miskin, dan berbahaya". Jadi bentuk patronus Tonks sebenarnya adalah serigala dan rambutnya yang coklat menunjukkan rambut Lupin yang coklat-kelabu. Tonks tidak mempedulikan bahawa Lupin adalah serigala jadian dan miskin (karena Lupin tidak dapat memperoleh pekerjaan disebabkan keadaanya sebagai manusia serigala), ataupun Lupin jauh lebih tua berbanding dirinya. Lupin beranggapan Tonks berhak mendapatkan seseorang yang seusia dengannya, yang tidak membahayakan dirinya, dan mampu menampung hidupnya. Ketika pengebumian Dumbledore, Tonks dan Lupin terlihat berpegangan tangan, dan rambut Tonks sudah kembali berwarna merah muda, menandakan bahwa ia sudah tidak lagi mengalami kemurungan yang lalu.